La FPU surgió como una reivindicación de la primera peña oficial del club, Exiliados Unionistas, puesto que el crecimiento de la masa social de USCF hacía necesario crear un espacio que congregase a los aficionados más implicados en materia de animación, máxime cuando Exiliados cuenta con seguidores repartidos por toda España. Con la conversión de USCF Fans del formato de plataforma de animación al de segunda peña oficial del club, ambos grupos conformaron la primera directiva de la FPU a principio de la temporada 2017/18 designando a dos miembros de cada peña como representantes.
Durante el año del ascenso a Segunda División B, prácticamente todas las agrupaciones surgidas en la grada de Las Pistas y de otros puntos geográficos de la península Ibérica se unieron al proyecto de la FPU, por lo que la Federación se consolidó como el punto de referencia de la animación unionista.
A comienzos de la campaña 2020/21 se convocaron unas nuevas elecciones caracterizadas por la cordialidad y la participación: Ruba Zakour -presidenta de Piratas Unionistas- fue la más votada y accedió a la presidencia de la FPU; Jorge García -presidente de Exiliados Unionistas- repitió en la directiva como secretario; y el candidato de USCF Fans y a la vez presidente de dicha peña, Mikel Marcos, se convirtió en el tesorero.